1560. aastatest pärinevad Eestimaa vakuraamatud on esimesed põhjalikumad eesti keele allikad pärast Taani hindamisraamatut, sisaldades mõisate ja külade nimesid. 1582. aastast tekivad Liivimaa revisjonide materjalid. Võib öelda, et sellest ajast alates on meil olemas enam-vähem katkematu aegrida, mille abil jälgida mõisate, külade ja osaliselt isegi talude arengut. Nii Liivimaa sõda kui ka põhjasõda tõid kaasa katkestusi asustuses, mistõttu osa nimesid kadus käibest või muutus nende kuju.
Maa-asustus kujunes mõisa ja küla kooseksistentsis. Kui varasemad mõisad tekkisid külade asemele või kõrvale, siis võtsid nad enamasti üle külade nimed. Pärast põhjasõda muutusid aga mõisad sedavõrd domineerivaks, et sageli hakati külasid kutsuma mõisate järgi. Näiteks Juuru kihelkonna Angerja mõisa järgi nimetatud *Jalaküla muutus Angerja külaks, Ambla kihelkonna Nõmmküla mõisa järgi kutsutud Karunga küla sai aga Nõmmkülaks.
Eesti kohanimedele on omane ebareeglipärane lühenemine, mis just vaadeldaval ajavahemikul avaldus kõige selgemini. Näiteks Raikküla mõisa Raela küla oli ürikutes pikka aega kirjas samal kujul kui mõis (Raykull), ent pärast põhjasõda esineb juba lühendatud kujul Rail.
Mis puutub talunimedesse, siis vanimad neist, hajatalude nimed on kirjas juba Taani hindamisraamatus – Rækævær (Rakvere talu Rapla kihelkonnas) ja Mekius (Mäe talu Juuru kihelkonnas). Talusid (näiteks Brieflade) on mõisaürikutes mainitud algusest peale. Nii leiame Rapla kihelkonnast nimed Coldemeck (Kullamaa), Egomegge (Ihuma), Mendicko (Männiku), Nogevere (Nõuri), Ruditte (Rüütja). Hilisematest allikatest leiab mõisate kaupa talupoegade nimekirju, enamasti kujul lisanimi + eesnimi. Lisanimede tõlgenduse üle pole täit üksmeelt, kuid enamik uurijaid leiab, et lisanimed olid algul seotud kindla isikuga, mis seejärel muutusid põlvest põlve päranduvateks perenimedeks (Gesindename) ja edasi püsivateks talunimedeks. Lisanimede hulgas oli kindlasti ka kohanimesid, ent allikates esinevad need läbisegi muude nimetüüpidega, nagu isanimed (Matsi Andres), hüüdnimed, sealhulgas ametinimetused (Sepa Jaan). Selgem eristus isikunimede ja talunimede vahele tuli alles 19. sajandi algul seoses perekonnanimede panekuga. Samast ajast on näiteid ka selle kohta, kuidas mõis on taludele täiesti uued nimed pannud.
