Nõukogude režiimi taastumise järel 1944. aastal jäi Eestisse püsivalt kohale okupatsiooniarmee. Põliselanikel tuli lahkuda sõjaväele antud aladelt  ja osa linnade elamufondist võeti sõjaväe käsutusse. Sõjaväe kohalolekuga kaasnes ulatuslik keskkonnareostus. 1991. aastaks oli Eestis asuva Nõukogude armee käsutuses ligi 800 paigas asuvat 1665 erinevat objekti kogupinnaga 87 147 hektarit. Suuremad sõjaväe käsutuses olevad alad olid Aegviidu, Laeva, Nursi ja Värska polügoonid, samuti Paldiski linn koos Pakri poolsaare, Pakri saared ja Naissaar.   

Eesti territoorium kuulus Balti sõjaväeringkonna koosseisu. 1991. aastal oli sõjaväeringkonna vägedest Tallinnas, Kloogal ja Keilas 144. motolaskurdiviis, Tapal asus inseneriväe õppebrigaad, Pärnus keemiakaitsebrigaad ja Viljandis erivägede brigaad. Tallinnas ja Jägalas paiknes ehitusvägede kõrgem poliitiline sõjakool. Õhukaitsejõududest paiknes Eestis 14. õhukaitsediviis; raskepommituslennuväe diviisi staap, pommitajate ja transpordilennuväepolk asusid Tartus. Balti laevastiku üksused paiknesid Tallinna ja Paldiski mereväebaasis. Ämaris oli merelennuväe polk. Paldiskis asus ka tuumaallveelaevnike õppekeskus. Strateegilise raketiväe keskmaarakettide baasid asusid Võru- ja Valgamaal. 1980. aastate lõpuni olid Eesti territooriumil ka tuumarelvad. Piirivalvel oli 3 piiriväesalka (42 kordonit), mereväevalve brigaad ja helikopterite eskadrill. 1991. aasta suvel oli Eestis ligikaudu 36 000 Nõukogude sõjaväelast. Nõukogude väeüksused lahkusid Eestist lõplikult 31. augustiks 1994. aastal, Paldiski tuumaobjekt anti üle 1995. aasta septembris.