Lõunaeesti muinasmurre lahknes esimesena läänemeresoome keeleühtsusest (viide). See eristumine algas keskläänemeresoome perioodil rohkem kui 2000 aastat tagasi ning jõudis lõpule hilisläänemeresoome perioodiks (jn 1).
Arheoloogilises aineses muutub Lõuna-Eesti (ja Põhja-Läti) erinevus Põhja-Eestist ilmseks rooma rauaajal, nende erisuste algus ulatub aga eelrooma rauaaega. Tegu on põiki läbi Eesti kulgeva põlise kultuuripiiriga, mis esimest korda muutub jälgitavaks juba nooremal pronksiajal. Kui eelrooma rauaajal eristab lõunapoolset Eestit põhjapoolsest peamiselt teadaolevate muististe vähesus, siis rooma rauaajal torkab silma erinev keraamika (nn hiline tekstiilkeraamika) ja teistsugused ehted.
Rooma rauaajal tuli Lõuna-Eestisse inimesi juurde ennekõike Põhja-Lätist, põhjapoolsed mõjutused jäid nõrgemaks ja hilisemaks ning nende levik piirdus enamasti Lõuna-Eesti põhjapoolse osaga. Siinse keele ja kultuuri eripära mõistmiseks tuleb arvestada ka võimaliku vana (lääneuurali) substraadi tugevusega. Põhja-Lätist tulijate puhul oli tõenäoliselt tegu samuti lõunaeesti tüüpi keele rääkijatega, nende ja teiste lõunaeesti murrete segunemisel kujunes välja muistne lõunaeesti hõimukeel. Põhja-Lätis kõneldud lõunaeesti keel säilitas siiski teatavaid erijooni, mis tulevad esile hilisemas Leivu keelesaare murdes.
Lõunaeesti keeles ilmneb erinevusi ülejäänud läänemeresoomest kõigil keeletasanditel, nende erijoonte hulgas on nii arhaisme kui uuenduslikke keelemuutusi. Kõigist teistest läänemeresoome keeltest eristab lõunaeesti hääldussüsteemi näiteks muutus *kt > tt (nagu tetti ’tehti’, nätt ’nähtud’), eripärased on rohked afrikaadid (ehk ts-häälikud, nt pütśk ’putk’, köüdś ’köis’, ütś ’üks’) ning keskkõrge õ kõrval kõrge keskvokaal, mis esineb muuhulgas mõnes tagavokaalses sõnas esisilbi i asemel (nyna ’nina’, sysalik ’sisalik’, sysar ’õde’, sm ’sisar’) jm. Grammatikas on lõunaeestile iseloomulik verbide kahesugune pööramine (vrd küdsä ’küpsetab’ ja küdsäs ’küpseb’) ning noomenite puhul oleva ja seesütleva käände sarnastumine (nt olõ tervehnä ’ole tervena’, oll´ noorõh ’oli noorena v. noores’). Lõunaeesti omapärases sõnavaras on mitmeid sõnu, millel on vasteid vaid idapoolsetes uurali keeltes (nt pähn ’pärn’, mõskma ’pesema’, tsura ’noormees’).
