Metsavendluse lämmatamisega (jn 1) ei lõppenud vastuhakk Nõukogude võimule Eestis. Vastupanu traditsiooni hoidsid 1950. aastatel koolinoorte põrandaalused organisatsioonid. 1960. aastatel näis  rahvas muganduvat Nõukogude süsteemiga, toimus see aga rohkem kohanemise kui leppimise teel. Eestlaste osakaal kommunistlikus parteis hakkas suurenema, tekkis isegi nn. komsomoliopositsioon, kuid Praha kevade mahasurumisele järgnenud repressioonid näitasid süsteemi seestpoolt muutmise katsete perspektiivitust. Kui poliitiline organiseerumine oli võimatuks tehtud, koonduti kultuuri alal (laulukoorid, rahvatantsuringid) ning moodustati kodu-uurijate organisatsioone ja raamatusõprade ühinguid. Vähemalt osaliselt koondas sedalaadi tegevust Eesti Looduskaitse Selts. Rahvuslikke väärtusi kandsid võimude seatud piirangutele vaatamata üldlaulu- ja tantsupeod. Eesti jäi kultuuriliselt orienteerituks läände ning säilitas sellega kontakti, kasutades erisuhet Soomega.  

Nõukogude võimu eesmärk oli kasvatada eestlastest juurte ja mäluta nõukogude inimesed. Keelati ja eemaldati käibelt kogu iseseisvusaegne kirjavara, raamatuid põletati ja hävitati, keelustati rahvuslikud sümbolid, lammutati Vabadussõja mälestusmärgid. Rahvalt ei õnnestunud mälu siiski võtta. Peideti mitte ainult sinimustvalgeid lippe ja omaaegset kirjavara, vaid ka Vabadussõja mälestusmärke.  

1970.-tel ilmusid Eestisse teisitimõtlejad , ning saadeti esimesed okupatsiooni lõpetamist nõudvad märgukirjad ÜROsse. Need elavdasid omakorda Eesti pagulaste tegevust. Eesti Vabariigi edasikestmine läänes oli Nõukogude võimule pinnuks silmas. Seal lehvisid sinimustvalged lipud, töötasid Eesti Vabariigi diplomaatilised esindused, anti välja Eesti Vabariigi passe.  

Eesti püsimine võõrkehana Nõukogude Liidus hakkas Moskvat 1970. aastate lõpuks üha rohkem häirima, tuues kaasa venestuse tugevnemise ja kasvava surve keelele ja kultuurile. Rahvas asus kaitsma oma õigust olemasolule. Sellega  kaasnes avalik vastupanu, mille häälekandjaks sai 1978. aastal ilmumist alustanud põrandaalune almanahh „Lisandusi mõtete ja uudiste vabale levikule Eestis”. 1979. aastal ühiselt kolmes Balti riigis alla kirjutatud Molotov-Ribbentropi pakti tagajärgede likvideerimist nõudev Balti apell pani aatelise aluse järgneva kümne aasta vabadusliikumisele. Balti küsimus hakkas jõudma rahvusvahelisele areenile. Venestuse surve kasv tõi 1980. aasta sügisel kaasa noorterahutused, mille jõhker mahasurumine ajendas 40 tuntud avaliku elu tegelast kirjutama kirja, milles avaldati muret Eestis toimuva pärast. Järjest raskem oli väita, et Eestis on kõik parimas korras. Kirjale alla kirjutanuid kiusati taga, kuid kedagi ei vangistatud. Kärarikastel kohtuprotsessidel saadeti vangilaagritesse rida avaliku vastupanu tegelasi. Vastupanuliikumine võttis enda peale Nõukogude surveaparaadi peamise löögi, kuid suutis saboteerida katseid rahvuslus Eestis välja juurida.