Läänemeresoome keelte, nende seas ka eesti keele sõnavaras on sadu tüvesid, mille kaugem päritolu pole teada. Need võivad olla nii kitsama (eesti-liivi, eesti-vadja) kui laiema levikuga, st esinevad pea kõigis läänemeresoome keeltes või näiteks läänemeresoome lõunarühma keeltes. Neile pole leitud vasteid kaugemates soome-ugri keeltes ega ka kindlaid laenuallikaid indoeuroopa keeltes või nende varasemates arenguastmetes (algkeeltes). Selliseid tüvesid peetakse nn läänemeresoome omatüvedeks.

Praeguseks on teada, et läänemeresoome algkeele või lääneuurali murde kõnelejad ei olnud Eesti ala esmaasukad. Kuigi arheoloogilised andmed viitavad sellele, et Eesti ala oli enne soomeugrilaste saabumist hõredalt ja ebastabiilselt asustatud, on tõenäoline, et Eesti ala ei olnud päris inimtühjaks jäänud ning väiksemad algasukate rühmad kohtusid sisserändajatest soome-ugrilastega. Tekkinud kontaktide käigus algasukad assimileerusid, võtsid üle uustulnukate keele ja kultuuri, jättes jälgi oma keelest kujunenud läänemeresoome algkeelde. Eelajalooliste algasukate keelest pärit tüvede kindlakstegemine on keeruline, sest sellest ei ole teada midagi peale selle arvatava substraadi tänapäeva keeltes.

Arvatava substraatsõnavara semantilistest valdkondadest moodustavad suuremad rühmad maastikusõnavara, loomade (sh kalade) nimetused, taimede ja nende osade nimetused ning kehaosade nimetused, kuid nende seas on ka omadus- ja tegusõnatüvesid.

Substraatset päritolu võib olla ka osa Eesti kohanimedest ja nende formantidest. Kuna arvatavad substraattüved ei erine olulisel määral oma fonotaktilistelt omadustelt muust soome-ugri päritolu sõnavarast (erinevalt nt saami keelte substraatsõnavarast), on arvatud, et siinsed algasukad võisid rääkida mingit parauurali (eeluurali algkeelest lahknenud) murret, mille foneetika ja fonotaktika ei erinenud oluliselt saabunud soome-ugrilaste keele vastavatest omadustest.

Keelte tüpoloogiline sarnasus ei viita siiski tingimata geneetilisele sugulusele. Teise võimalusena on arvatud, et substraadi allikas on eelgermaani keel või algloodeindoeuroopa murre. Võimalik on ka, et substraadi allikaks olnud keelel tänapäevaseid sugulaskeeli ei ole. Läänemeresoome keelte substraadi olemuse ja päritolu uurimine jätkub, kuid lõplike järelduste tegemine ei pruugi praegu olemasolevate uurimismeetoditega olla võimalik.