Keskajal asus Eesti alale elama rohkelt peamiselt Saksa päritolu germaanlasi, kes moodustasid tollase ühiskonna sotsiaalse ülemkihi. Huvitavaid tulemusi on andnud keskajal linna- ja maakalmistutele maetute DNA võrdlemine. Seni on uuritud viitteist Tartu linnakalmistutele maetud inimest: kuut toomkirikust, kuut Jaani ja kolme Maarja kiriku kalmistult. Tartu Maarja kiriku juurde maetud sarnanevad geneetiliselt üldiselt enim ümbruskonna külakalmistutele maetud maaeestlastega (viide), aga ka tänapäeva eestlastega. Niisiis võib suure tõenäosusega öelda, et Maarja kirikaeda on maetud kohalikku rahvast. Teada ei ole aga see, kas tegemist on linna- või maarahvaga, sest kiriku tagamaad hõlmasid ka Tartu-Maarja kihelkonna ala, kust pealegi on keskaegseid külakalmistuid teada vähe. Kolm geneetiliselt pigem kohaliku rahvaga sarnanevat inimest leiti ka Tartu Jaani kiriku kalmistule maetute seast. Kirjalike allikate kohaselt olid nii Jaani kui Maarja kirik linnakirikud, mille kogudustesse kuulus nii eestlasi kui sakslasi.
Hoopis teistsuguseid tulemusi andis aga Tartu toomkirikusse maetute vana DNA analüüs. Neljal juhul kuuest olid sealsed inimesed geneetiliselt väga sarnased tänapäevaste sakslaste ja teiste germaani rahvastega, mis viitab nende saksa päritolule. Kuna piiskoplik toomkirik oli sotsiaalse ülemkihi matusepaik, on selline tulemus igati ootuspärane. Kesk-Euroopa päritolu peegeldus ka kolme Tartu Jaani kiriku kalmistule maetu genoomides. Seega võimaldab keskaegsete matuste DNA kõrvutamine tänapäevaste Euroopa rahvaste omaga eristada võõrsilt tulnute ja nende järeltulijate luid kohalikku päritolu inimeste omadest ka siis, kui esemeleiud puuduvad.
Mõnede uuritud keskaegsetele linnakalmistutele maetute genoomis on tõenäoliselt kokku saanud ka eri paigust pärit esivanemate pärand – nende eellaskomponentide profiil on nüüdisaegsete kesk- ja põhjaeurooplaste omade vahepealne. Sellise geneetilise taustaga on kaks Tartu toomkirikusse ja üks Jaani kiriku algusaegadel selle kalmistule maetutest. Siin võime oletada, et tegemist on inimestega, kelle üks vanematest või pooled vanavanematest on eri rahvusest. Sellised kontaktid ei saanud siiski olla väga sagedased, kuna kohalike ja võõrsilt tulnute geneetilised erinevused näivad ajas säilivat ning tänased eestlased sarnanevad eelkõige keskaegse kohaliku lihtrahvaga. Veelgi enam, tänaste eestlaste piirkondlikud geneetilised erinevused näivad hästi peegeldavat arvatavalt juba hiljemalt keskajaks väljakujunenud kohaliku elanikkonna geograafilist peenstruktuuri.
