Rahvausundis täheldatav mõningane mitmekesistumine seoses ristiusu mõjudega, kuid osalt on see pigem vormiline. Näiteks Balthasar Russowi kroonika (1584) kirjeldab, et inimesed olid küll formaalselt omaks võtnud kirikutes jumalateenistustel käimise, kuid ühendasid selle tihti kirmasel või kõrtsis pidutsemisega ning saabusid kirikusse purjuspäi. Samuti võis kirik vahel olla rahvapäraste maagiliste rituaalide sooritamise koht. Mõningatel juhtudel kandusid ohverdamisrituaalid katolike pühakutega seotud paikadesse seetõttu, et katoliku kirikud ja kabelid ehitati varasemate paganlike looduslike pühapaikade asemele. Näiteks Pirita kloostri juurde tuldi kroonik Russowi kirjelduse järgi nii kiriku andeksandmiskirju hankima kui loomade edenemise maagiliseks soodustamiseks vaha- ja loomohvreid tooma. Russow üldistab, et samasugused ohvrirituaalid toimusid ka teiste kloostrite ja kabelite juures.
Endiselt on usundis olulisel kohal kaitse-, ravi-, armu-, ende- ja ennustusmaagia. Pühakohti (pühad kivid, veekogud, hiied, ohvriaiad jt), kohakaitsevaime ja esivanemate hingedega seotud tõekspidamisi peeti tähtsaks osalt veel 19. sajandil ja hiljem. Siiski toimusid arheoloog Tõnno Jonuksi hinnangul 17. sajandi lõpus ja 18. sajandi alguses rahva mõttemaailmas märgatavad muutused. Üheks põhjuseks võib pidada Põhjasõja laastamistööd, mis katkestas varasemate traditsioonide järjepidevuse. Oma mõju avaldasid aga ka alates 1730. aastatest Saksamaalt Eestisse jõudnud pietismi ja vennastekoguduse (hernhuutlaste) liikumised. Näiteks tõi hernhuutlus kirikuteenistustesse koorilaulu, mis hakkas välja tõrjuma Eesti vanemat, müütilist maailmapilti kandvat regilaulu. Hernhuutlased võitlesid aga ka maagiakommetega ja hävitasid traditsioonilisi pühakohti. Kristlik taevaskäijate liikumine, mis samuti taunis olemasolevat rahvausundit, puhkes 1813.–1814. aastal kõigepealt Virumaal ja Läänemaa eestirootslaste seas. Sama kümnendi jooksul levis see üle Eesti, ent hakkas siis nii kiriku kui mõisate vastuseisu tõttu vaibuma. Peipsi ranniku mõttemaailmale lisasid oma värvingu 17. sajandi lõpul sisserännanud vanausulised.
Usundilised mõjutused ei olnud kindlasti ainult ühesuunalised ega keskendunud pelgalt mujalt tuleva omaksvõtule. Näiteks kroonik August Wilhelm Hupel (1774) osutab, et haigete ravimisel kasutas nõidade ravimaagia abi lisaks eestlastele ka kohalik sakslastest maa-aadelkond ja ka muidu olid veel 19. sajandi esimesel poolel maa-aadelkonna ja talupoegade nõidususkumused paljuski sarnased. (jn 1)
Ootuspäraselt võib täheldada rahvausundis teatavaid geograafilisest asukohast tingitud piirkondlikke erijooni. Slaavi mõjutustega alal Kagu-Eestis on enam esil pühakutega seotud uskumused ning õigeusu ja rahvausundi põimumised, nagu kirikuteenistustele järgnev arhailine haudadel söömine esivanemate austuseks. Traditsiooniliste ülemereühenduste toel on ühisosa Põhja-Eesti ja Soome rannikualade pärimuses, nagu näiteks üleloomulike olenditega seotud uskumustes.
