Juhuslikest Eestisse jõudnud juutidest on teateid juba 14. sajandist (1333), kui neid Lääne- ja Kesk-Euroopas üldiselt taga kiusati, kuid eristuvast rahvusrühmast saab siin rääkida alates 19. sajandist. 14. sajandil Poola aladele põgenenud juudid sattusid seoses Poola jagamistega (1772, 1793) Vene keisririigi koosseisu. Nende liikumis- ja elamisõigust piirati Venemaa 15 läänepoolse kubermanguga, kuhu Eesti- ja Liivimaa ei kuulunud. Lähimad „juudi asualad“, kus nad tohtisid elada ilma eriloata, olid nüüdsed Leedu, Valgevene ja Poola. Juutide tagakiusamise peapõhjusi Euroopas oli nende range monoteism ja keeldumine ristiusku astumast. 

Esimesteks juudi püsiasukateks Eestis said nn Nikolai sõdurid ehk kantonistid – Eestis teeninud ja sõjaväeteenistuse lõpetanud juudid, kellel lubati siia elama jääda. Eestlased teadsid juutidest Piibli kaudu ammu enne, kui neid oma ihusilmaga nägid. Eesti keelde olid jõudnud mõisted Iudat (1603), Judalisset (1637) ja juud (1732), ent kohalikud olid siiski üllatunud, et juutidel polegi sarvi peas, vaid nad on  samasugused inimesed nagu nemad isegi.  

1865. aastal andis Aleksander II juutidele õiguse elada ka väljaspool neile määratud asualasid ja siis hakkas Eestisse siirduma juudi kaupmehi, käsi- ning oskustöölisi. Juudi kogudused tekkisid valdavalt linnades: Tallinnas (1830) (jn 1), Tartus (1867), Pärnus (1869), Valgas (1871), Kuressaares (1882), Võrus (1887) jm. Eestis ei tekkinud aga omaette juudi asundusi (štetleid) nagu Ida-Euroopas harilikult. Selleks oli siin juute lihtsalt liiga vähe.