Rootsi võimuperioodi kahele viimasele aastakümnele jätsid jälje Suur näljahäda (1696–1697), Põhjasõda (1700–1710) ja Eesti ala tabanud viimane suur katk (1710–1711). Seetõttu kujunesid aastad 1695–1711 Eesti ala rahvastikule kataklüsmiliseks, nagu see oli olnud aastatel 1602–1603.
Pärast vihmast ja külmast tingitud ulatuslikku viljaikaldust 1695. aastal sai 1696. aasta kevadtalvelalguse näljahäda , mis kulmineerus 1697. aasta märtsisjuunis. Sellesse ajajärku jääv suremus võis Eesti alal küündida minimaalselt 50 000, maksimaalselt 100 000 inimeseni. Täpsemaid demograafilisi järeldusi ei võimalda olemasolevad allikad teha. Tõenäoliselt jäi surmade arv (sh nakkushaigustesse, vanadusse ja muudel põhjustel surnuid) 60 000–80 000 vahele ehk suurusjärku 17–20% kogu elanikkonnast. Suur näljahäda oli näljakriis maal, mitte linnades. Liivimaal oli kõige kõrgem suremus Põhja-Tartumaal: Põltsamaal 25,5–26,5%, Laiuse kihelkonnas 26%. Ka lõunapoolsel Tartumaal oli rahvaarvu langus üle keskmise. Suremus oli kõrgem veel põhjapoolsel Viljandimaal (Pilistvere kihelkond), kuid Pärnumaal tunduvalt madalam. Näljahäda kahjude uurimiskomisjoni materjalidest selgub, et Eestimaal tabas toidupuudus kõige raskemalt Virumaad, kõige kergemalt pääses aga Läänemaa. Hiiu- ja Saaremaad tabas väga raske ikaldus alles 1697. aastal ja suremus kasvas pigem 1698. aastal.
Põhjasõja-aegse (1700–1710) vaenutegevuse all kannatasid iseäranis Virumaa ja Tartumaa. Täpsemad andmed sõjas hukkunute, maalt pagenute või Venemaale küüditatute (1707–1708 sunniti oma kodudest lahkuma suurem osa Tartu elanikest) kohta puuduvad. Põhjasõja laastamistele lisandus kogu Läänemere regiooni tabanud katkuepideemia aastatel 1709–1712. Katk tabas raskelt Eesti lääne- ja põhjaosa, kõige kergemalt kaguosa. Eriti suur oli katkuohvrite arv linnades. Kõik kokku tõi kaasa Eesti rahvaarvu katastroofilise vähenemise – 1712. aastal võis Eesti alal elada umbes 170 000 ehk kõigest 42,5% (400 000st 1695. a) inimest.
