Esimesed kirjalikud allikad, kus on näiteid eesti keele kohta, on säilinud 13. sajandi esimesest poolest. Kõige tähtsamad on Henriku Liivimaa kroonika (lad Heinrici Origines Livoniae) aastatest 1224–1227 ning Taani hindamisraamat (lad Liber Census Daniae) aastatest 1219–1230. Henriku Liivimaa kroonikas leiduvatest eesti keele sõnadest ja väljenditest ning Taani hindamisraamatus esitatud Põhja-Eesti kohanimedest nähtub, et tollases eesti keeles puudusid veel mitmed sellele iseloomulikud erijooned, mis on levinud 16. sajandi vanas eesti kirjakeeles. Seega võib vaadeldavat perioodi pidada tänapäeva eesti keele sünni jaoks esmatähtsaks, sest sel ajal hakkas vanaeesti keel suhteliselt kiiresti muutuma ning saame rääkida juba murrangueesti keelest .
Pärast saksa ülemvõimu kehtestamist Eesti aladel muutus 13.–16. sajandi eesti keel ühiskondlikult madala positsiooniga sotsiolektiks. See oli eeskätt maarahva keel, kõrgema staatuse pälvisid ladina keel, mis oli kiriku- ja hariduskeeleks, ning (kesk)alamsaksa keel, mida võimukandjad rääkisid argikeelena ning kasutasid kaubanduses ja muus asjaajamises. Alamsaksa keele mõjuväljas leidsid murrangueesti keeles aset mitmed häälikusüsteemi muutused, nagu sõnarõhu tugevnemine sõnade esisilpides ja vastavalt häälduse nõrgenemine järgsilpides, mis tõi kaasa vokaalide lõpu- ja sisekao (pappi > papp, antanut > andnud) ning kiirendas ka vokaalharmoonia kadu (lepütäjä > lepitaja). Nende hääldusmuutuste tulemusel hakkas teisenema ka eesti keele grammatiline struktuur. Ulatuslik oli ka sõnavara uuenemine alamsaksa mõjul, eesti keelde tulid uue ühiskondliku korra ja kultuuriga seotud sõnad, nagu amet, kool, kriit, meister, mölder, peegel, prii, püss, selts, sättima, teenima, väärt.
Eesti keeles püsisid sel ajal endiselt piirkondlikud erinevused, alamsaksa keele ja kultuuri mõju oli Põhja-Eestis ka tugevam ja kiirem kui Lõuna-Eestis. Eesti kirdeosas kõneldi endiselt vadjapärast keelt ning Liivi lahe idarannal liivipärast keelt. Tallinna ümbruses hakkas taanduma soome keelele lähedasem muistse Revälä maakonna keel ning laienes Harju keskmurdeline keeletava. Lääne-Eesti saartele ja Loode-Eestisse asus elama rootslasi, kellega suhtlemine jättis oma jälje ka sealsete eestlaste keelde. Siiski hakkas sel perioodil Tallinnas, selle ümbruses ja laiemalt Kesk-Eesti aladel kujunema välja eesti ühiskeel.
Eesti kirjakeele areng on jälgitav alles 16. sajandist, kuid on võimalik, et juba keskajal loodi eestikeelseid käsikirjalisi vaimulikke tekste, millel oli oma mõju eesti vaimuliku ühiskeele tekkele; seda keelekuju on vaadeldud keskaegse eesti libakirjakeelena.
