Uusaja algust tähistav reformatsioon tõi kaasa uuendusi ka eesti rahvakalendri jaoks. Muutuste tempo oli seotud piirkondlike eripäradega luterliku õpetuse vastuvõtus: kui Põhja-Eestis toimus üleminek katoliikluseselt protestantlusele juba 16. sajandi algul (1523), kestis Lõuna-Eestis katoliku kiriku hegemoonia Poola valitsuse ajal ligi sajandi kauem (1629). Rahvakalendri üldpilt oli praegusel Eesti alal kõige mitmekesisem 17. sajandil, kui kõikjal püsis maagiavõtetele toetuv „paganlik” usk, kuid tooni andsid ka teised mõjutused. Põhjaeesti kalendris andsid tooni luteri kiriku tähtpäevad, ent suur osa katoliku pühakutähtpäevi marginaliseerus. Lõunaeesti alal püsis roomakatoliku pühade ning kuukalendri ajaarvestuse populaarsus pea 19. sajandi keskpaigani. Eestimaa idaosas aga avaldas mõju kreeka-katoliku kalender – idaslaavi rahvakalendrit vahendasid enamjaolt 16.–17. sajandist Peipsi ümbrusse asunud venelased ning sama usutunnistusega vadjalased, isurid ja karjalased.
Aasta alguspäeva määramine 1. jaanuarile (1582) pikendas jõuluaega ning tagas pööriaja vana traditsiooni püsimise ja edasiarengu saartel ning Lääne-Eesti mandrialal. 7. jaanuaril jõuluaja lõppu tähistava nuudipäeva (1131. aastal mõrvatud Taani pühaku Knud Lavardi mälestuspäev, jn 1) kauase populaarsuse tagasid nii rannarootsi kui Soome-poolsed kontaktid.
Rohkete inimkaotustega sõja-, katku- ja näljaajad, rahvastiku liikumine ning naabrussuhted soodustasid piirkondlike tähtpäevade kujunemist. Need püsisid mitmekülgsemana maa ida- ja kaguosas, kus on täheldatav soomeugri aluskiht. Kevadise kalapüügihooaja alguse tähistamise rituaalist – kuiva havi söömisest – paastumaarjapäeval on andmeid nii Kirde-Eestist vadja asualadelt kui Peipsiääre venelastelt. Eestimaa kaguosas karjaste seas levinud komme vedada mihklipäeval valget oinast või kitse kolm korda ümber kivi lubab oletada, et tegemist on soomeugri ohverdamiskombe jäänukiga. Kui hingedeajal kodusid külastavatele hingedele sauna kütmisest on ühesuguseid teateid Mulgimaalt, Liivi- ja Lätimaalt ning Soomest ja Karjalast, siis midruskipäeva (püha Dmitri mälestuspäev 26.10) kombestikus korraldati hingedele söömaaeg eluruumis pere juuresolekul vadja päritoluga Alutaguse rahvastiku, karjalaste, mordvalaste ja maride seas .
Piirialadel kõnelevad rahvalikud traditsioonid naabritevahelisest suhtlusest. Kirde-Eestis levinud komme kostitada kolmekuningapäeval pakasetaati , et külm suvel vilja ära ei võtaks, on märk kokkupuudetest idaslaavi hõimudega. Lätimõjuline on näiteks käädripäeva (Püha Gertrudi mälestuspäeva 17. märts) tähistamine ning jõuluaegne liulaskmine linakasvu edendamiseks Võrumaa lõunaosas.
