Valdava osa Eesti elanikest moodustasid ka uusajal eesti talupojad. Võrreldes keskajaga oli Eesti maarahvastik muutunud etniliselt ühtlasemaks – eestlaste hulka olid sulanud Tartumaa vadjalased ja praeguse Võrumaa piiresse jäänud adsele maarahvas, vähenenud olid Alutaguse vadjalaste kultuurilised erijooned. Üldiselt eri piirkondade keelelised erijooned püsisid. Põhja- ja lõunaeesti keele erinevus oli nõnda suur, et alates 17. sajandist võeti kasutusele kaks kirjakeelt. 

Liivimaa sõda (1558–1583), Poola-Rootsi sõda (1600–1625) ja põhjasõda (1700–1710), eriti aga sõdadega kaasnenud suured katkupuhangud tõid kaasa suuri inimkaotusi. Sõjad ja maa tühjaks jäämine põhjustasid omakorda rahvastiku ümberpaiknemist – mindi sinna, kus elu oli parem, sest vaba maad oli palju. Tõenäoliselt nihkub varauusajal põhjaeesti keele piir Viljandi- ja Tartumaa põhjaosas lõuna poole. Sunnismaisuse tõttu aga piiratud levikuga murdejooned kohati süvenesid. 

Rahvastikumuutusi toimus ka Eesti piirialadel. Virumaale saabus rohkelt sisserändajaid Soomest, Kagu-Eestisse Pihkva valdustest. Eestlaste asuala kahanes lõunas, praeguse Läti alal – varauusaegsete sõdade tulemusena kaotasid Härgmäe ja Ruhja kihelkond eesti elanikkonna ja lätistusid. Pärast sõdu ja taude kasvas rahvaarv aga kiiresti – nii Rootsi ajal kui ka pärast põhjasõda Vene võimu all. 19. sajandi keskpaigaks oli maal rahvast sedavõrd rohkesti, et võimalikuks sai ulatuslik väljaränne linnadesse, mis pani aluse ka eesti ühiskeele tekkele.