Varauusaja alguses jagunes Eesti ala kolme maahärra – Liivi ordu ning Tartu ja Saare-Lääne piiskopkondade vahel. Siinne rahvastik jagunes eestikeelseks alamkihiks ja saksakeelseks ülemkihiks, kellest viimase vahendusel lõimus Eesti ala õhtumaise Euroopa poliitilisse, kultuurilisse ja majandusruumi.
1520. aastatel linnadest alguse saanud usupuhastuse levik tõstis luterluse valitsevaks usundiks nii linnas kui maal. Luteri usk soodustas rahvahariduse ja eestikeelse kirjasõna edenemist. 1525. aastast on teada esimene eestikeelne trükitud raamat. 1686. aastal ilmus eesti keeles uus testament ning 1739. aastal piibel tervikuna.
Venemaa agressiooniga aastal 1558 algas Baltikumis ligi kolmveerand sajandit kestnud heitlus ülemvõimu pärast. Selles osalesid ka Rootsi, Taani ja Poola. Pärast venelaste tagasitõrjumist jätkus sõda Põhja-Eesti vallutanud Rootsi ning Lõuna-Eestis kindlustunud Poola vahel. Pärast sõja lõppu 1629 oli kogu mandri-Eesti Rootsi võimu all. Saaremaa, mis Liivi sõja käigus läks Taani valdusse, liideti Rootsiga 1645. Setumaa, mille keskpunktiks kujunes Petseri klooster, jäi Pihkvamaa koosseisu ning õigeusklikuks.
Ajaloolises traditsioonis on Rootsi valitsusaega Eestis kujutatud hea ja õnnelikuna. 17. sajandi lõpul läbi viidud reduktsioon piiras baltisaksa aadli poliitilisi ja majanduslikke õigusi ning parandas talurahva elujärge. Luterlik Rootsi riik soodustas rahvahariduse edenemist ning aitas kaasa eesti keele arendamisele. Rootsi võimu all avati aastal 1632 Tartu Ülikool.
Põhjasõja käigus (1700–1721) liideti Eesti ala Vene riigiga. Senine ühiskonna korraldus jäi püsima ning Rootsi-aegsed seadused kehtima veel aastakümneteks. Saksa keel ja luteri usk sidusid Eesti- ja Liivimaa jätkuvalt saksa protestantliku kultuuriruumiga. Euroopast kandunud valgustusliikumise mõjul sai talurahva emantsipatsioon Baltikumis alguse märgatavalt varem ning kulges oluliselt kiiremini kui Venemaa sisekubermangudes. Põhja-Eestis kaotati pärisorjus 1816., Lõuna-Eestis (Liivimaal) 1819. aastal. Ka 19. sajandi esimesel poolel kulges Venemaa Läänemere-provintside areng sisekubermangudest erinevat rada mööda. 19. sajandi keskpaigas teostatud liberaalsed agraarreformid panid aluse talurahva väikemaaomandile.
Raskustele ja tagasilöökidele vaatamata säilitas eesti rahvas oma elujõu. 16. sajandi algusest 19. sajandi keskpaigani rahvaarv kolmekordistus, kasvades 250 tuhandelt 750 tuhande elanikuni, mis oli mõnevõrra jõudsamgi kui Euroopas keskmiselt.
