Saksa-Nõukogude sõja puhkemise järel 1941. aastal suvel evakueeriti koos taganevate vägedega Eestist Nõukogude tagalasse ettevõtteid töötajatega ja tuhandeid tsiviilisikuid. Evakueeritud tsiviilelanikke oli kokku ligi 25 000, kellest 20% hukkus teel ning tagalas.
Tsiviilisikute evakueerimisi viisid läbi ka Saksa okupatsioonivõimud. 1939. aastal elas Loode-Venemaal, hilisemates Leningradi, Pihkva ja Novgorodi oblastites 63 000 eestlast. Peipsi-tagune piirkond oli muutunud sõja tallermaaks. Paljud sealsed eesti pered evakueeriti sealt Nõukogude tagalasse, kutseealised mehed mobiliseeriti Punaarmeesse.
1941. aasta sügisel rääkis Tallinnas viibinud Saksa Riigi Julgeoleku Peaameti ülem Heinrich Himmler vajadusest asustada ümber Eesti idaosas elavad venelased kui rassiliselt ja poliitiliselt võõras element, kelle asemele tuli tuua idapiiri taga asuvad eestlased. Selleks töötati välja eraldi operatsioonid, mis hõlmasid eestlasi, saksa päritoluga isikuid (n-ö rahvussakslasi), Loode-Venemaal elavaid läänemeresoome rahvaid (keda koondati üldmõiste „ingerlased“ alla), lõpuks ka venelasi. Lisaks organiseeris Rootsi rannarootslaste Eestist äraviimise ja Soome Loode-Venemaalt toodud ingerlaste transportimise Soome.
Evakuatsiooniks Venemaalt määrati marsruut üle Narva-Jõhvi, Slantsõ-Vasknarva, Pnevo-Mehikoorma ja Pihkva-Petseri, kuigi peamiselt kulges see Mustvee kaudu. Jalgsi teele asunud inimesed kulgesid enamasti Petserimaa kaudu. Lisaks organiseeritud äratoomisele jõuti Eestisse ka omal initsiatiivil.
Ühtekokku tuli aastatel 1941–44 Loode-Venemaalt Eestisse umbes 24 000 eestlaste rahvuskaaslast. Suure tõenäosusega jäi enamik Eestisse tooduist siia ka pärast sõda, väike osa pöördus siiski tagasi endisesse kodukohta. 1959. aastal elas Loode-Venemaa oblastites veidi üle 20 000 ja 1989 umbes 10 000 eestlast. Hill Kulu andmeil elas aastal 1989 Eestis 18 000 eestlast, kes olid sündinud Leningradi, Pihkva või Novgorodi oblastites. Saksa okupatsiooni viimastel hetkedel evakueeriti Saksamaale umbes 1500 Sõrve poolsaare elanikku, kes toodi kodumaale tagasipöördujatena tagasi 1945. a novembris.
1944. aasta sügisel taastus Eestis Nõukogude okupatsioonivõim. Eestisse toodud teistest rahvustest inimesed tuli juba 1944. aasta lõpul asustada tagasi nende kodurajoonidesse. Eesti NSV Rahvakomissaride Nõukogu määruse (31. okt 1944) järgi tuli sakslaste korraldusel Eestisse toodud inimesed asustada tagasi oma kodukohtadesse. Nende tagasitoomiseks loodi filtratsioonipunktid ja reevakueeritavate kogunemispunkt Põllkülla. 26. jaanuariks 1945 oli Eesti NSV filtratsioonipunktidest läbi käinud 25 665 isikut. Kuna enamikul olid kodud sõjategevuse tõttu raskelt kannatada saanud, saadeti nad edasi kodukohast kaugemale itta. Seega olid Saksa okupatsiooni ajal Eestisse toodud vene rahvusest inimesed 1945. aasta alguseks enamikus tagasi ida poole viidud. 1948. aasta lõpuks oli Eesti NSV-st teistesse liiduvabariikidesse tagasi saadetud 33 130 inimest.
Samamoodi puudutas reevakueerumine 1941. aastal Eestist lahkunud inimesi, keda oli 1944. aasta sügisel Venemaa Euroopa-osas ja Siberis umbes 13 000. Nende tagasitoomist koordineerisid Eesti NSV Rahvakomissaride Nõukogu vastavad volinikud. Enamik evakueeritutest jõudis Eestisse tagasi 1944. aasta lõpus või 1945. aasta alguses, mil üldreevakuatsioon lõppenuks kuulutati. Kokku reevakueerus umbes 18 000 inimest.
Paljudel juhtudel ei olnud kohapealsed asutused tööjõu puuduse tõttu siiski nõus reevakueerimisele kuuluvaid isikuid nende töökohtadest vabastama. Probleem kestis 1947. aastani. Sarnaselt demobiliseeritutega suunati reevakueeritud tööle erinevatesse rahvamajandusharudesse ning partei- ja Nõukogude aparaati. 1947. aasta novembri seisuga oli erinevate rahvamajandusspetsialistide hulgas 5,1% reevakueerituid. Nende osatähtsus jäi alla 5% enamikes rahvamajandusharudes, enim oli neid rakendatud kultuuri (19,8%) ja teaduse (12,8%) sfääris.
