Esimesed kirjalikud andmed eesti keelest pärinevad 13. sajandist, kuid eesti kirjakeele algusest saab rääkida alles uusajal, kui pärast reformatsiooni hakati järjepidevalt tõlkima eesti keelde kiriklikke tekste ja selle kõrval laienes järk-järgult ka muu eesti keele kirjalik kasutus.
Eesti kirjakeele alguseks peetakse aastat 1525, kui Saksamaal trükiti luterlik missaraamat, milles oli ka eestikeelseid tekste; paraku pole seda hiljem leitud. Esimesed tuntud terviklikud eestikeelsed tekstid (kolm palvet, kokku ligi 150 sõna) on Kullamaa käsikirjas (u 1524–1532). Esimene osalt säilinud eestikeelne trükis on 1535. aastal ilmunud S. Wanradti ja J. Koelli põhjaeestikeelne katekismus, esimesed lõunaeestikeelsed tekstid on säilinud 16. sajandi lõpust. Eestis tekkinud kahe kirjakeele – tallinna ehk põhjaeesti ja tartu ehk lõunaeesti keel – keele sündi soodustas peale keelelise erinevuse ka Eesti halduslik killustatus uusaja alguses. Põhjaeesti keel kujunes Rootsi riigivõimu all, järgides saksa luterliku kirjavara traditsioone. Lõunaeesti esimesed tekstid pandi kirja Poola valitsusajal Tartus, järgides katoliiklikke ladina keele eeskujusid. Lõunaeesti kirjakeel sai haridus- ja asjaajamiskeeleks ainult Lõuna-Tartumaal ja Võrumaal, kogu ülejäänud Eesti alal võeti kasutusele põhjaeesti kirjakeel, millest hiljem kujunes Eesti riigikeel.
Eesti kirjakeele algusperioodil 16.–17. sajandil ei kujune veel välja reeglipärast eesti kirjaviisi. See luuakse alles 17. sajandi lõpul Tartus Bengt Gottfried Forseliuse ja Johann Hornungi poolt, kohandades eesti keelele (ülem)saksa ortograafia põhimõtteid. See nn vana eesti kirjaviis jääb siiski eesti keele häälduse omapära märkimisel puudulikuks – näiteks pikki vokaale märgiti lahtises silbis ühe tähega (hä ’hea’, Loja ’looja’), kinnises silbis kahe tähega (pääl ’peal’, hüüdwad ’hüüavad’); lühikest vokaali aga osutati järgneva konsonandi kahekordselt kirjutamisega (Karro ’karu’, Sabba ’saba’). Vana kirjaviisi põhimõtteid hakati rakendama nii põhjaeesti kui ka lõunaeesti kirjakeeles, nii neid ka omavahel lähendades. Vana kirjaviis jäi eesti keele kirjutamisel valdavaks kuni 19. sajandi keskpaigani, kui hakkas järk-järgult kasutusele tulema nn soome ehk uus kirjaviis. Selle reeglid sobivad eesti keele jaoks paremini, näiteks kirjutatakse lühikesed häälikud ühekordselt (sada), pikad häälikud kahekordselt (saada).
Lähtuvalt eesti vana kirjakeele põhifunktsioonist ja kirjaviisi arengust on Arnold Kask eristanud selle kujunemise kolme põhijärku: 1524–1686 saksapärane kirikukirjandus, 1686–1813 „parandatud“ kirikukeel, 1813–1857 rahvapärase eesti kirjakeele algusperiood.
