Eesti taasiseseisvumise järel (1991) avastas ligi kolmandik elanikest, et neist on üleöö saanud välismaalased. Kui 1989. aastal elas Eestis vaid 39 välisriigi kodanikku 15 kodakondsusest, siis 1990. aastail oli olukord juba sootuks teine. Eesti või välisriikide kodanike kõrval elas siin silmatorkavalt palju kodakondsuseta isikuid (n-ö halli passi omanikke), kes pidid valima, kas lahkuda või jääda. Omaette rühma moodustasid veel Nõukogude armee ajateenijad, ohvitserkond ning erusõjaväelased (võõrväed lahkusid Eestist 31.08.1994). Et riiki asuti taastama järjepidevuse alusel, rakendati esmalt (26.02.1992) eelmist, 1938. aasta kodakondsusseadust. Järgmine kodakondsusseadus jõustus 01.04.1995, sätestades Eesti kodanikuks saamise kas sünniga või naturalisatsiooni korras. Aastail 1992–1997 omandas kodakondsuse 95 836 inimest. 

1990. aastail rahvastikus toimunud muutused võttis kokku 2000. aasta rahvaloendus. Eestis elas 75 riigi kodanikke (sh Eesti 80%, Venemaa 6,3%, kõik teised 1,3%), määratlemata kodakondsusega oli 170 349 inimest (12,4%). Eesti rahvaarvust (1 370 052) andsid 930 219 eestlast 67,9% ja 439 833 muulast 32,1%. Lisaks eestlastele elas siin 141 rahvuse esindajaid, sh 351 178 venelast, 29 012 ukrainlast, 17 241 valgevenelast ja 11 837 soomlast. Eelmise loendusega (1989) võrreldes oli venelaste arv kahanenud 26%, ukrainlaste ja valgevenelaste arv isegi 40%. Enamik rahvusrühmi olid väga väikesed: 108 rahvusel oli alla 100, 72 rahvusel alla 10 esindaja. Emakeelena kõneldi 109 keelt. 

Väärib rõhutamist, et eestlaste rahvusteadvuse tõus 1980. aastate lõpus mõjutas ka siinseid muulasi, paljud avastasid, et nad ei olegi venelased, vaid hoopis näiteks osseedid, ukrainlased või udmurdid. Aastast 1988 asuti rajama rahvusseltse (esimestena juudi ja eestirootsi), et esindada oma rahvust ja toetada Eesti riikluse taastamist. Eestimaa rahvuste II foorumil asutatud Eestimaa rahvuste ühendus (1989) hõlmas 1992. aastal juba 19 rahvusrühma. 1993. aastal taastati vähemusrahvuse kultuurautonoomia seadus, mille alusel moodustasid kultuuromavalitsuse ingerisoomlased (2004) ja eestirootslased (2007). Paljud rahvusrühmad ja -killud asutasid oma kultuuriühingu või -seltsi, 1995. aastaks oli neid registreeritud üle 60. Ühingud, mille asutamiseks ei piisanud Eesti kodanikke, koondusid Eestimaa rahvuskultuuride ühenduste liitu Lüüra (1997, 16 algorganisatsiooni). Eestiga põliselt seotud rahvuste esinduskogud asutasid Eesti regionaal- ja vähemuskeelte liidu (18.06.2004), arvates vähemuskeelteks jidiši, mustlaskeele, rootsi, saksa, soome ja vene keele, regionaalkeelteks setu ja võru. 

2011. aasta rahvaloendus registreeris Eestis 1 294 455 elanikku, peale eestlaste oli esindatud 179 muud rahvust. Suurimad rahvusrühmad olid samad, ent mõnevõrra vähenenud (vt Tabel 1). Kaheksa rahvusenimetust kadus koos kaheksa väljarännanuga, 292 sisserännanuga lisandus 46 uut rahvust. Eesti kodanikud moodustasid 85,1% rahvastikust (2000. aastal 80%), määratlemata kodakondsusega isikuid oli 6,5% (2000. aastal 12%). Emakeelena kõneldi 157 keelt, kusjuures 100 ja enam kõnelejat oli vaid 25 keelel ning vähem kui 100 kõnelejat 132 keelel. (Tabel 1)

76% rahvastikust moodustas põlisrahvastik. Välispäritolu rahvastiku paremaks kohastumiseks loodi integratsiooni sihtasutus (1998), mis on toetanud nende lõimumist Eesti kodanikuühiskonda, aga ka nende oma emakeelt ning kultuuri. Rahvusrühmade pühapäevakoole on toetanud haridusministeerium (aastast 2004) ja SA Innove (2013), aastast 2020 haridus- ja noorteamet. 

Tabel 1. Eesti suurimad rahvusrühmad rahvaloendustel 1989–2011.  

2020. aastal elas Eestis statistikaameti andmeil 1 328 889 püsielanikku ning esindatud oli ligi 200 rahvust. Eestis tegutseb 300 MTÜ-dena registreeritud rahvuskultuuriseltsi, kellele riik annab stabiilset tegevustoetust (ka siis, kui nt Lezgini kultuuriühing Eestis on võtnud eesmärgiks „arendada dagestani-lezgistani ja eesti rahvaste kultuurisuhteid“). Toetust saab ka 14 pühapäevakooli (2020), kus õppekeeleks vene ja mõni muu keel. Omakultuuri arendamiseks ei pruugi neil rahvakildudel oma vähesest jõust piisata, aga vähemasti pidupäevadel saavad nad eristuda umbmäärasest „venekeelsest elanikkonnast“ oma riiete, roogade või laulude-tantsudega. 

2010. aastatel rahvastikus toimunud muutustest annab ülevaate järgmine rahva ja eluruumide loendus (31.12.2021).