Perioodile 1225–1500 on iseloomulik kristliku õpetuse levitamine Eestis ning sellega seostuv teadmusvahetus germaani ja Skandinaavia päritolu vaimulikega. Nagu allikatest (nt juba varasem, 12. sajandi Novgorodi kroonika) selgub, jätkusid kontaktid ka ida- ja lõunasuunal, tuues muuhulgas kaasa õigeusu mõjutusi. 13. sajandil ja hiljem Eesti rannaaladele rännanud rannarootslased jätsid mõningase jälje ka siinsesse mütoloogiasse (nt pärineb sõna pisuhänd rootsi keelest). Üldiselt olid eesti rahvausundis nendel sajanditel endist viisi olulisel kohal esivanemakultus, looduslikud pühapaigad ja nendega seotud üleloomulike olendite austamine, kuid neile lisandus katoliku pühakute mõju. Näiteks võib oletada, et paganlusaegsetele tulehaldja-kujutelmadele lisasid uue kihi Lääne-Euroopas 10. sajandist tulepatroonina tuntud pühak Laurentiusega (jn 1) haakuvad tähendused. Oletatavalt sel perioodil hakkasid pühakunimed ning Jeesuse ja Neitsi Maarja poole pöördumised sugenema ka loitsudesse, kus neid võib veel 19. sajandi üleskirjutustes kohata kõrvuti näiteks püha pikse ja esivanemate appikutsumisega.
Kroonikates osutatakse kristluse saabumisega kaasas käinud usupõhistele konfliktidele. Näiteks Läti Henriku kroonika (ca 1224–1228) kirjeldab, kuidas üks katoliku preester raius maha eestlaste hiies olevad pühakujud ja kui neist verd välja ei voolanud, olevat inimesed hakanud rohkem uskuma preestrite jutlusi. Tõenäoliselt nii järsku pööret siiski ei toimunud ning erinevad usundilised tõekspidamised jätkasid kõrvuti eksisteerimist. Pealegi oli taevase jumala kujutelm juba enne ristiusustamist ka eestlastel olemas – näiteks Põhja-Eestis, peamiselt Virumaal dokumenteeritud pikse- ja viljakusjumal Uku nimetus ja temaga seotud kultus jõudsid uurijate seisukoha järgi Eestisse Soomest.
Endiselt oli usundis põhirõhk maagial, eelkõige kaitse-, ravi-, ning ende- ja ennustusmaagial. Läti Henriku kroonika kirjeldab paganlikke ennustusrituaale Liivi aladel, samuti eestlaste matuserituaale, mis toimusid „rohke halisemise ja jootudega“. Võib oletada, et halisemise all mõeldakse midagi analoogset hilisemaski usundis tuntud surnuitkemise kombega. Sama kroonika kirjeldustes aimub kristlike ja varasema omausu kultuurimõjude vaheldumine – nimelt märgitakse, et vahepeal haudadesse maetud surnukehad kaevati hiljem välja ja põletati endise paganate kombe kohaselt. Asjaolu, et vaatamata kestvale kristliku õpetuse mõjuväljas viibimisele edenes paganlikest kommetest loobumine visalt, nendib veel oma 1588. aasta kroonikas Sebastian Münster. Ta märgib, et seniajani on eestlaste hulgas palju neid, kes „jumalast ega ühestki pühakust midagi ei tea ütelda“ ning möönab ennatlikult üldistades, et linnade läheduses elavad talupojad on siiski paganlikest harjumustest loobunud.
