Inimene on asustanud kõik kontinendid, kuid ka tänapäevaste transpordivahenditega võtab maailma eri otstesse liikumine parasjagu aega ja on tülikas. Nii ei ole imekspandav, et järglaste saamiseks saavad kokku pigem geograafiliselt üksteisele lähedased inimesed. Seetõttu on liikidesisene geneetiline struktuur kooskõlas geograafiaga ja see ilmneb nii kontinentaalsel kui maakondlikul skaalal. Nii näeme ka Eesti geenivaramu andmete põhjal selget Eestisisest geograafilist struktuuri. Eesti elanikkonna sees on teistest kõige erinevamad kagueestlased, kuid omavahel eristuvad ka teiste piirkondade eestlased (jn 1). Nagu öeldud, tekivad sellised geneetilised struktuurid iseenesest.
Lisaks geograafiale kujundavad ühe populatsiooni geneetilist struktuuri ajaloosündmused ja ühiskondlikud protsessid. Kõik saab muidugi alguse uuritava maa-ala asustamise loost. Eesti kohta teame, et see on asustatud mitmete lainetena, millest igaüks tõi siia uusi inimesi ja seega ka geene. Vaevalt need tulevasel Eestimaal ühtlaselt jaotusid ning võib kihla vedada, et siia jõudnud inimesed muutusid piirkonniti geneetiliselt veidi erinevateks. Kuid kui vaadata konkreetselt tänast eesti geneetilist struktuuri, siis see läheb tagasi keskaega. Nimelt on just sellest perioodist – ja mitte varasematest – , pärit vana DNA proovid sarnased tänase Eesti sama piirkonna elanike DNA-ga.
Migratsioonid toovad geene mõnelt geograafiliselt kaugemalt alalt ja muudavad lihtsat kaugusest tingitud geneetilise varieeruvuse mustrit. Ka Eestis on näiteks 17. sajandi alguse segastest aegadest teada inimeste liikumine Pihkvamaalt Kagu-Eestisse, ajaloolise Võru- ja Tartumaa alale. Vene aladelt pärit rahvast (sealhulgas setode esivanemaid) oli Kagu-Eesti Liivimaa osas 1638. aastal ligi 10%. Viru- ja Harjumaal oli 1637. aastal soomlasi vastavalt üle 20% ja kuni 12%. Geeniandmetes näeme, et need ja teised piiriülesed mõjud ei kata Eestit ühtlaselt. Nii saabki suures plaanis öelda, et lõunaeestlaste sarnasus lätlastega on suurem kui põhjaeestlastel. Samaga vastavad põhjaeestlased soomlaste osas. Samuti ei tule üllatusena ei rootsi mõju Loode-Eestis ega vene oma Ida-Eestis (jn 2).
Geneetiliste struktuuride seosed naaberaladega on muidugi keerukad ka selles mõttes, et piirid, nii poliitilised kui kultuurilised, on ajas muutuvad ning mitte alati geneetiliste ja geograafiliste piiridega kooskõlas. Nii on Põhja-Lätis tugev liivlaste ning Loode-Venemaal soome-ugri keeli rääkinud rahvaste geneetiline komponent.
