Sõjajärgsed muutused asustuses olid ühelt poolt seotud uue majanduskorraldusega, teisalt jätkus juba sajandi esimesel poolel alanud linnastumisprotsess. Oma mõju jättis asustussüsteemi arengule ka teine maailmasõda, sest mitmed külad ja isegi linnad (Narva) olid hävinud ning Eesti inimkaotused nii küüditamise kui ka läände lahkumise tõttu suured. Nõukogudeaegne haldusjaotus põhines rajoonidel. 1950. aastal moodustati 39 nn maarajooni. 1964. aastaks kujunes välja jaotus 15 rajooniks, mis mõningate piirimuudatustega püsib tänaseni. Väikerajoonide perioodil muutusid suuremateks keskusteks ja hiljem maakonnakeskusteks Jõgeva, Põlva ja Rapla.
Ida-Virumaal ja laiemalt kogu Põhja-Eestis kasvas pärast teist maailmasõda tööstuse roll. Põlevkivipiirkonda ja ka mujale tekkis või arenesid edasi mitmed tööstusasulad (näiteks Sirgala, Viivikonna, Püssi, Tootsi, Lavassaare), kasvas tööstusettevõtete arv linnades ning hoogustus rahvastiku koondumine linnadesse. 1950. aastatel alustati tööstuslikult ja strateegiliselt tähtsates linnades laiemalt elamuehitusega. Järgnevatel aastakümnetel taastati sõjas hävinud elamupiirkondi ja ehitati uusi. Lisaks suurtele korterelamupiirkondadele tekkisid ja laienesid ka individuaalelamute piirkonnad.
1960. aastateks taastus Eesti põllumajandus ning asuti välja ehitama majandite (kolhooside ja sovhooside, jn 1) keskusasulaid. 1970.–80. aastatel oli Eesti põllumajandus tasemelt parimaid Nõukogude Liidus ja paljudes kohtades ehitati välja maastikuplaneerimist arvestavad terviklikud majandikeskused. Need võisid põhineda kunagistel mõisatel, aga rajati ka täiesti uusi ja moodsaid keskuseid. Tsentraliseerimise käigus toimus aga kaugemate maapiirkondade taandareng, sest Nõukogude Liidus jaotati asulad nn perspektiivseiks ja mitteperspektiivseiks ning viimased olid määratud kadumisele. Suuremate linnade lähedale tekkisid veel omalaadsed tööstusasulad, mis teenindasid põllumajandussektorit tehnikaga (Eesti põllumajandustehnika, EPT) või tegelesid ehitusega (kolhoosidevaheline ehituskontor, KEK).
Kogu Nõukogude perioodil säilis metsavahtide võrgustik ja metsade majandamine oli metsamajandite ülesanne. Omalaadne ja uus nähtus Eesti asustussüsteemis olid väikesed teaduslinnakud, näiteks Tõravere observatooriumi (jn 2) ja Võrtsjärve limnoloogiajaama ümber. Teatavat mõju asustusele avaldas ka Lääne- ja Põhja-Eesti kuulumine piiritsooni ja Nõukogude sõjaväe kohalolek. Esines tavainimestele suletud „kinniseid linnu“ nagu Sillamäe ja Paldiski.
Asustussüsteemile avaldasid mõju ka transpordivõrgu muutused. Siinkohal võib näitena tuua 1920. aastatel rajatud kitsarööpmelise raudteevõrgu sulgemise 1970. aastate alguses. Selle käigus jäi kiratsema mitu raudteeasulat.
Majanduse sõjajärgse taastumisega omandasid tähtsa koha varasemad puhkepiirkonnad, nt Pärnu, Narva-Jõesuu, Võsu. Uue nähtusena ilmusid asustussüsteemi suurettevõtete puhkekodud, aga ka pioneerilaagrid. Linnade ümbrusse tekkisid suured suvilapiirkonnad ning hoogustus kunagiste taluelamute kasutamine suvemajadena.
