Seni on vana DNA abil uuritud enam kui 70 Eesti keskaegsetele maakalmistutele maetud inimese luustikke. Võrreldes varasemate perioodidega on nende indiviidide hammastes, mis arheogeneetikute seas on üks hinnatumaid bioarheoloogilisi materjale, DNA üldiselt väga hästi säilinud. Osteoloogide meetodite usaldusväärsusest annab tunnistust see, et luude välistunnuste põhjal tehtud soomäärangud langevad geneetilistega ligi üheksal juhul kümnest kokku. Sellegipoolest täiendavad need kaks meetodit teineteist – mõnel juhul on skelett hästi säilinud, kuid DNA mitte, või vastupidi, mõlema metoodikaga uuritud indiviididest enam kui kümnendiku sugu on õnnestunud määrata vaid DNA abil ning teist nii palju vaid luude põhjal.

Keskaegsed maaeestlased on geneetiliselt sarnased nii neile eelnenud rauaaegse elanikkonna (viide) kui tänapäeva eestlastega. Kõigi kolme kihistuse genoomidest võib leida kolm peamist üle Euroopa levinud eellaskomponenti – Euroopa küttide-korilaste, Lähis-Ida päritolu varajaste põlluharijate ja Ida-Euroopa stepivööndi rändrahvaste (eellas)komponente – ning lisaks väikese osa nn Siberi päritolu komponenti. Juba suhteliselt väheste andmete põhjal saab öelda, et Eesti lõunapiiri lähedal asuvatesse Siksälä ja Vastseliina kalmistutesse maetud sarnanevad enam lätlaste ja leedulastega, samas kui Põhja-Eestis asuvate Kukruse, Pada ja Kaberla kalmistute indiviidid on sarnasemad soomlastega. Keskaegsete indiviidide genoomiinfo paigutamine geneetilisele kaardile koos erinevatest Eesti osadest pärit tänapäevaste indiviididega näitab, et praegused piirkondlikud geneetilised erinevused olid välja kujunenud juba keskajal.