Alates 16. sajandist saab jälgida eesti keele ajalugu järjepidevatele kirjalikele allikatele toetudes. Esimene terviklik eestikeelne tekst pärineb Kullamaa käsikirjast (u 1524–1532) ja teateid esimesest eesti keelt sisaldanud trükiväljaandest on aastast 1525, kuid esimene eestikeelne trükis, millest on osi säilinud (11 lehekülge), on 1535 ilmunud S. Wanradti ja J. Koelli katekismus (joonis 1). Eestis tekkis kaks kirjakeelt – tallinna ehk põhjaeesti ja tartu ehk lõunaeesti kirjakeel. Esimesed lõunaeestikeelsed tekstid on säilinud 16. sajandi lõpust.
Enamik esimestest tekstidest olid kiriklikud, põhjaeesti keel järgis saksa luterliku kirjavara traditsioone, lõunaeesti esimesed tekstid Poola mõjusfääris katoliiklikke ladina eeskujusid. Siiski on 16. ja suuresti ka 17. sajandi tekstid üsna ebaühtlase kirjaviisiga. Nn vana eesti kirjaviisi reeglid võetakse kasutusele alles 17. sajandi lõpul.
16.–17. sajandit saab pidada murrangueesti keele lõpuperioodiks, siis kinnistusid keele struktuuri lõplikult mitmed varasematel sajanditel alanud keelemuutused. 18. sajandi olulisim keelesündmus oli kogu piibli ilmumine trükist 1739. aastal, sest sellega fikseeriti suuresti eesti kirjakeele murdepõhi. Nii saab alates 18. sajandist rääkida juba uuseesti keelest, mille hääldussüsteem ja grammatiline vormistik on põhiliselt sarnane tänapäeva eesti keelega. 18. sajandil sai eesti keel (alg)hariduse keeleks, eestlaste hulgas hakkas laiemalt levima lugemisoskus. Eestikeelne kirjandus mitmekesistus, hakati välja andma eestikeelseid tarbetekste ja jutukirjandust, üha rohkem tuli eesti emakeelega autoreid, tänu millele kirjakeel lähenes rahvakeelele. 19. sajandi alguskümnenditel sai eesti keel ka teadusliku uurimise objektiks ning seda hakati õpetama 1802. a taasavatud Tartu ülikoolis. 19. sajandi keskel asuti üle minema uuele kirjaviisile.
Uusaja eesti keel oli läbi sajandite kiiresti muutuv, seda nii struktuurselt kui ka sotsiaalse kaalukuse poolest. Keele ühtlustumise kõrval püsis ja tekkis juurdegi piirkondlikke erinevusi, sest eesti kirjakeelel polnud ametlikku staatust. Juba perioodi algul sai alamsaksa keele asemel tähtsaimaks mõjukeeleks (ülem)saksa keel, kust jätkus laensõnade tulek, nt aabits, kartul, kleit, number, plaan. Laialdane mõju oli ka kohaliku saksa keele variandina tekkinud baltisaksa keelel, kust võeti nt sõnad kemmerg, redel, sahver, sirel. 16.–17. sajandil tuli ka (riigi)rootsi laene, nt kroonu, plika, rätsep, säng, tasku, alates 18. sajandist suuremal hulgal vene laene, nt jaam, kõrts, munder, pintsak, tubli.
