1940. aastal sulges Nõukogude võim tatari (nagu teisedki) usuühingud, lisaks hävitas punavägi Narva mošee (1944). Sõjapäevil hukkusid paljud nii tööpataljonis kui ka eri rinnetel (ja eri mundrites) sõdides, osa lahkus Läände. Koguduse maja hävis koos Narva linnaga, tatarlastel nagu teistelgi põliselanikel keelati linna naasta. Seejärel koondusid nad rohkem Tallinna ja selle ümbrusse.
Praeguste tatarlaste suurem sisseränne toimus kohe pärast sõda, kui neid oli värvatud rajama Narva elektrijaama ja Maardu keemiakombinaati. Tööjõu enamik pärines mišääride alalt Nižni Novgorodi oblasti Sergatši rajoonist. Viimane suurem sisseränne oli seotud Tallinna olümpiarajatiste ehitamisega 1980. aastaks.
1980. aastate teisel poolel, kui algas eestlaste rahvuslik ärkamine, haaras see kaasa ka siinseid vähemusrahvusi ja tekkisid eeldused rahvusseltside loomiseks. 1988. aastal taasasutati Tatari Kultuuri Selts (TKS), mille eesmärgiks seati siinsete rahvuskaaslaste ühendamine ja Eesti Vabariigi taastamise toetamine. TKS osales Eestimaa Rahvuste Foorumil ja oli üks Eestimaa Rahvuste Ühenduse (1989) asutajaliikmeid. Seltsi juhatus hakkas korraldama rahvuskaaslaste kokkutulekuid ja õppetööd pühapäevakoolis, seltsis käisid koos isetegevuslased. Rahvusliku identiteedi tugevdamiseks taastati 1989. aastal Eesti Islami Kogudus (EIK), kusjuures esialgu olid nii seltsi kui ka koguduse liikmeskonnad kattuvad. Usutunnistuselt on tatarlased sunniidid.
Nõukogude perioodi lõpuks oli siinsete tatarlaste arv (jn 1) saavutanud maksimumi. 1989. aasta rahvaloendus fikseeris Eestis 4058 tatarlast, kellest 2496 elas Harjumaal ja 884 Ida-Virumaa linnades (kokku 83,3%). Tegemist oli Eesti ühe kõige linnastunuma rahvusrühmaga.
