Uusajal põhjaeesti murdepõhjale tekkinud tallinna ehk põhjaeesti kirjakeel ja lõunaeesti murdepõhjale tekkinud tartu ehk lõunaeesti kirjakeel hakkasid kiriku- ja koolikeelena omakorda mõjutama rahvakeele arengut. Tallinna keele kasutusala kujunes tunduvalt suuremaks kui tartu oma. See aitas kaasa ka kahe eesti peamurde vahelise piiri muutumisele, eriti lääneosas Pärnu- ja Viljandimaal, kus ka lõunaeesti läänemurde alal hakati kasutama tallinna keelt eestlaste kiriku- ja halduskeelena.
Eesti põhja- ja keskosas jätkus tekkiva ühiskeele toel põhjaeesti keskmurde levik. Vanimas põhjaeesti kirjakeeles oli veel mitmeid Soome lahe äärse rannamurde jooni ja sõnu, kuid alates 17. sajandi teisest poolest need rannamurdele iseloomulikud keelendid üha rohkem taandusid ja valitsevaks muutusid põhjaeesti ja eriti selle keskmurde alale omased jooned.
Vanimas põhjaeesti kirjakeeles oli kasutusel veel hiljem lõunaeestist tuntud sõnu, nagu mõrsja ’pruut’, sepp ’pärm’, susi ’hunt’, mis aga põhjaeesti alal taandusid pärast alamsaksa laensõnade kasutuselevõttu.
17. sajandi keskel on Heinrich Göseken väitnud tartu keele mõju Järvamaa keeles, samas ka ingerimaalaste mõju Virumaa keelele. Põhiliseks võib siiski pidada juba sellel ajal keskmurde keelejoonte levikut nii Põhja-Tartumaal kui ka Põhja-Viljandimaal. Seejuures oli lääne- ja keskmurde piir juba varem sujuvam kui ida- ja keskmurde piir.
Väljaspool tänapäeva Eesti piire ei kujunenud püsivat põhjaeestikeelset asustust. Teatav eesti keele läänemurde mõju on täheldatav ainult Põhja-Lätis ajaloolisel liivi alal, kus eesti siirdlased jätsid oma jälje salatsiliivi keelde, samas on need kontaktid olnud kahepoolsed ning teiselt poolt on liivipärasused lääne-eesti lõunarühma murde eristumise aluseks. Küll aga iseloomustab keelepiiride muutus lõunaeesti keeleala. Lätistus lõunamulgi Ruhja piirkond. Kagu-Eestis süvenes piir võro ja seto vahel, kujunesid välja seto kolm peamist murrakut: põhjaseto keskusega ümber Värska lahe, lõunaseto keskusega Petseris ning idaseto Irboska lähikonnas. Idasetole on lähedane Kraasna keelesaar Lõuna-Pihkvamaal, lõunaeesti põhialast eristusid Leivu keelesaar Põhja-Lätis ja Lutsi keelesaar Ida-Lätis. Eesti-sisestest migratsioonidest jättis oma jälje saarlaste asumine mitmele poole mandrile, nii on näiteks levinud saaremurdelisi jooni Edela-Eestis kuni lõunaeesti läänemurde aladeni. Ida-Eestis levis mööda Peipsi rannikut lõunaeesti jooni kuni Kirde-Eestini jm.
