1941. aasta suurküüditamine Balti riikides algas ööl vastu 14. juunit. Päev varem oli küüditamine läbi viidud Moldaavias, 22. mail Lääne-Ukrainas ning viimasena viidi kavandatu ellu 20. juunil Lääne-Valgevenes. Kuu aega varem, 14. mail oli NSVL Rahvakomissaride Nõukogu (RKN) ja ÜK(b)P Keskkomitee (KK) vastu võtnud ühismääruse nr 1299-526ss, mis kinnitas direktiivi eriasumisele saatmise kohta Baltikumis, Lääne-Ukrainas ja Lääne-Valgevenes ning Moldaavias. Kokku küüditati 107 000 inimest. 16. mail saatis NSVL Riikliku Julgeoleku (NKGB) rahvakomissar Vsevolod Merkulov Jossif Stalinile allkirjastamiseks määruse projekti planeeritava puhastustöö meetmetest Leedu, Läti ja Eesti NSV-s. Järgnes rida korraldusi mille sisuks oli „nõukogudevastase, kriminaalse ja sotsiaalselt ohtliku elemendi” kindlakstegemine, vahistamine ja väljasaatmine. Punaarmee aastatel 1939–1940 hõivatud alad tuli “puhastada kontrrevolutsiooniliste organisatsioonide” liikmetest ja nende perekondadest, endistest politseinikest, vangivalvuritest, politsei ja vanglate juhtivkoosseisust, ohvitseridest, suurmaaomanikest, kaupmeestest, vabrikantidest, kõrgematest valitsusametnikest koos peredega, aktiivsest kriminaalsest elemendist ja politseis registreeritud prostituutidest. Nimetatud kategooriatesse kuuluvad isikud tuli arreteerida ning saata kas sunnitöölaagrisse või asumisele. Arreteeritute vara kuulus konfiskeerimisele.
14. juuni ühisoperatsiooni käigus küüditati Baltikumist 45 000 isikut. NKGB rahvakomissari Merkulovi 17. juuni kokkuvõtte kohaselt on Eestist äraviidutena täheldatud 9146 isikut, kelle hulgas oli 3173 arreteeritut ja 5973 asumisele saadetut. Perekonnapead (kelle hulka sattus ka perekonnaliikmeid) määratleti grupina „A“, mis tähendas arreteerimist ja 5–8 aastataks laagrisse saatmist, millele pidi järgnema 20 aastaks asumisele saatmine. Nende perekond lahterdus gruppi „V“ ehk administratiivkorras väljasaadetud 20 aastaks. Ligi kolmandiku küüditatutest moodustasid alaealised. Ohvrite nimeline väljaselgitamine kestab tänini, Eesti Mälu Instituudi andmetel ulatub nende koondarv ligi 4000 isikuni. 1.–3. juulini (sõja oludes) toimus veel eraldi aktsioon Eesti saartel, mille käigus küüditati umbes 750 inimest. Mehed viidi Tallinna keskvanglasse ja saadeti Irkutski oblastisse. Väike osa neist viidi Haapsallu ja kuulutati mobiliseerituiks. Perekonnaliikmed viidi Harku vanglasse, kust nad 1941. aasta augustis vabastati.
Suurküüditamine algas 14. juuni öösel kella ühe-kahe ajal. Kinnipidamist teostasid 3–6-liikmelised operatiivgrupid, kuhu kuulusid operatiivtöötajad, miilitsad, sõjaväelased, partei- ja nõukogude aktiivi esindajad jt. Väljasaadetavatel oli lubatud kaasa võtta asju kuni 100 kilogrammi pere kohta Pakkimiseks oli ette nähtud kaks tundi, kuid see kahanes mõnel pool mõnekümneks minutiks kui sedagi. Kaasavõetavate asjade kogus ja sisu oli hilisemat toimetulekut silmas pidades äärmiselt oluline. Paljud viidi ära suveriietes, koos kiirustades kaasa haaratud juhuslike esemetega.
Ešelonid läksid Eestist Narva ja Irboska kaudu liikvele 17. juunil. Arreteeritud viidi Sverdlovski oblasti laagritesse, nende küüditatud pereliikmed suunati Kirovi ja Tomski oblastisse. 1941. aasta lõpus ilmusid laagritesse erikomisjonid, kes hakkasid uurima isikute väidetavaid süüasju ja määrama karistusi. Rohkem kui 600 isikule määrati surmanuhtlus, enamik arreteerituist suri nälga ja haigustesse. 14. juunil arreteeriti ka Värska ja Petseri laagrites umbes 300 Eesti sõjaväelast, kes suunati Norilski laagrisse, kus neist jäid ellu üksikud. Kannatusterohkeks kujunes ka küüditatute saatus, kellest ligikaudu 60% hukkus. (Jn 1)
