Pärast Eesti annekteerimist likvideeris Nõukogude võim (1940) kõik juudi seltsid, ühingud ja organisatsioonid. Veel rängemalt mõjus teine maailmasõda, mis hävitas Eestis väljakujunenud juutkonna sootuks. 1941. aasta juunis küüditati Siberisse ligi 400 juuti, hiljem, rinde lähenedes jõudis veel suurem osa põgeneda Nõukogude Liitu, ent ülejäänud, 960 Eestisse jäänut, hukati Saksa okupatsiooni ajal. 

Pärast sõda pöördusid paljud Eesti juudid Venemaalt Eestisse tagasi, kuid Nõukogude võimu tingimustes ei olnud enam juttugi kultuurautonoomiast ega juudi koolidest. Ka olid hävinud Tallinna ja Tartu sünagoogid. Eestisse asus elama juute teistest NSV Liidu piirkondadest, eriti Leningradist (Peterburist). Kasvas segaabielude arv, mis tingis ka üleminekut vene keelele. Paljud kasutasid riigi pakutud võimalust emigreeruda Iisraeli. Nähtava maastikumärgina säilis ja oli ka Nõukogude perioodil kasutuses enamik juudi kalmistuid. Hävitati vaid 18. sajandi lõpus asutatud juudi kalmistu Tallinnas (1963).  

Juutide kultuuritegevus elavnes taas perestroika ajal. Eesti juudi kultuuri selts (sektsioonidega Tartus, Kohtla-Järvel ja Narvas) moodustati 1988. aastal ja 1990. aastal taasavati (vene õppekeelega) Juudi põhikool.