16.–17. sajandil pandi Eestis alus kahe kirjakeele, põhjaeesti ja lõunaeesti traditsioonile. Kahe kirjakeele tekkimisel oli ühiskondlike põhjuste kõrval oluline põhja- ja lõunaeesti rahvakeele suur erinevus, olid need ju kujunenud erinevatest läänemeresoome hõimukeeltest. Eri kirjakeelte teke piiras lõunaeestiliste keelejoonte levikut põhjaeesti keelde ja suuresti ka vastupidi; siiski on varases lõunaeesti kirikukirjanduses märgata põhjaeesti eeskujusid.  

Esimeste põhjaeestikeelsete kirjalike tekstide murdetaust kõikus suuresti olenevalt autori(te) elukoha murdekeelest. Nii on Kullamaa käsikirja (1524–1532) keeles mitmeid läänemurdelisi jooni, 17. sajandi keskel Virumaal tegutsenud Heinrich Stahli teostes idamurdelisi jooni. Ühe üldsuundumusena võib näha rannamurdele iseloomulike joonte vähenemist 17. sajandi jooksul. Juba vanimas põhjaeesti kirjakeeles on täheldatav tekkiva keskmurdelise ühiskeele mõju. Kindlapiirilisemalt kujunes põhjaeesti kirjakeele vormistik välja 18. sajandil, sellele aitas kaasa Piibli eestikeelse tõlke ilmumine 1739. aastal, eestikeelse koolihariduse ja sellega seoses ka koolikirjanduse levik. Selle murdepõhi oli juba järjekindlamalt keskmurdeline, oma koha leidsid seal ka eesti ühiskeelde kinnistunud Kesk-Eestis laiemalt levinud keelendid.  

Varajane lõunaeesti kirjakeel lähtus tõenäoliselt tollasest Tartu linnakeelest, mis seletab nii Tartu lääne- kui ka idapoolsete murdejoonte ning samuti mitmete põhjaeestipärasuste levikut selles. 17. sajandi teisel poolel ja 18. sajandil kinnistusid lõunaeesti kirjakeeles ka mitmed Tartu murde lõunarühma ja ka hiljem ainult Võrumaal tuntud keelendid ning tartu kirjakeel omandas järjekindlamalt lõunaeestilise ilme. Praegusele eesti kirjakeelele aluse pannud põhjaeesti kirjakeeles esines veel 19. sajandi alguses teatavat ebaühtlust, kuid põhjaeesti murretes laiemalt levinud jooned said järjest suurema osakaalu. Nüüdseks on eesti kirjakeelele lähim ikkagi keskmurre, kuid suur on see lähedus ka põhjaeesti ida- ja läänemurdega (joonis 1). 

Eesti kirjakeel on suuresti erinev kõigist ajaloolistest murretest, selle põhistruktuur kinnistus alles 20. sajandi alguses ning selles oli oluline osa teadlikul keeleuuendusel.