Natsi-Saksamaa toime pandud genotsiidi juutide vastu Teise maailmasõja ajal tähistatakse mõistega holokaust, mida mõnikord laiendatakse romadele. Holokausti aluseks oli natsionaalsotsialistlik ideoloogia, mille järgi kuulutati ülimate väärtuste kandjaks põhjamaine aaria rass, keda ehedal kujul kehastas saksa rahvus. Juutides seevastu nähti aarialaste vastandit ja igavest vaenlast, mis õigustas nende süstemaatilist allasurumist ja füüsilist hävitamist rahvustunnuse alusel. Natsiideoloogia õigustas samuti Euroopa mustlaste tagakiusamist ja massimõrvasid, nagu ka muude poliitiliselt või sotsiaalselt määratletud rühmade represseerimist. 

Eesti juudi kogukond oli Ida- ja Kesk-Euroopa riikidest kõige väiksem. Enne Teist maailmasõda elas siin umbes 4400 juuti, kellest ligi kümnendik küüditati 1941. aasta juunis Venemaale. Peale Saksamaa ja NSV Liidu vahelise sõja puhkemist 1941. aasta suvel evakueerusid Venemaale veel ligikaudu 3000 juuti. Eestisse jäänud umbes 1000 juuti arreteeriti Saksa okupatsioonivõimude korraldusel 1941. aasta lõpus ning hukati salaja. Ainult üksikutel õnnestus end sõja lõpuni varjata. Seevastu suurem osa Venemaale evakueeritud ja küüditatud juutidest jäid ellu ning tulid hiljem kodumaale tagasi.  

Sõja ajal Eestisse jäänud juutide hävitamise järel hakati alates 1942. aasta sügisest siia tooma juute muudest Euroopa maadest, kellest suurem osa paigutati sunnitöölaagritesse. Aastatel 1942–1944 Eestisse toodud ligikaudu 12 500 juudist hukkus siin hinnanguliselt 7000–8000, kõigest umbes 100 inimest jäi Saksa vägede lahkudes ellu, ülejäänud viidi sakslaste taganemise ajal Eestist Saksamaa koonduslaagritesse.  

Võrreldes naaberriikidega oli väikesearvuline ka Eesti romade kogukond: enne sõda hinnanguliselt umbes 750 inimest. Saksa okupatsiooniperioodi alguses mängis mustlaste kohtlemisel mõningast rolli nende eluviis. Nimelt käsitles Saksa okupatsioonivõim rändavaid ja paikseid romasid erinevalt. Esimesed, kes moodustasid kuni kolmandiku kogukonnast, võeti massiliselt kinni 1941. aasta lõpus ja 1942. aasta alguses ning hukati sama aasta lõpuks. Ülejäänud allutati esialgu politseilisele järelevalvele või saadeti sunnitöölaagritesse, ent 1943. aasta alguses nende kohta kehtinud erisused kaotati. Kõik mustlased tuli koondada maakonnakeskustesse ja toimetada edasi Tallinna keskvanglasse, kus 1943. aasta alguses hoiti kinni enam kui 500 Eesti romat. Enamiku nende saatus ei ole teada, kuid osa neist hukati Tallinna lähedal Kalevi-Liiva polügoonil. Kokkuvõttes arvatakse, et Saksa okupatsiooniperioodil hukkus Eestis üle poole siin enne sõda elanud romadest, aga mõningatel hinnangutel jäi kogukonnast alles ainult 5–6%.